À la base de la méthode Merise, on trouve la théorie systémique des organisations. Cette théorie affirme que chaque organisation, qu'elle soit une entreprise ou une association, fonctionne de manière similaire avec une sphère décisionnelle prenant les décisions et une sphère opérationnelle les exécutant. L'organisation évolue aussi dans différents environnements (économique, financier, juridique).
Le système d'information sert de pont entre ces deux sphères et est central à l'organisation, étant composé à 95% d'outils informatiques, incluant à la fois du matériel et des logiciels. Les progiciels de gestion intégrés (ERP) jouent un rôle majeur mais ne répondent pas toujours aux besoins quotidiens spécifiques. Souvent, des applications complémentaires comme Microsoft Excel, Access ou Word sont nécessaires.
Les professionnels des services concernés, comme les directeurs des ressources humaines ou financiers, comprennent mieux les contraintes de leur domaine et peuvent ainsi mieux cataloguer leurs besoins en termes d'application informatique. Ils peuvent développer des solutions adaptées s'ils en ont les compétences, ou collaborer avec des développeurs en informatique pour une solution sur mesure, en utilisant des outils tels que Microsoft Access. La méthode Merise vise donc à modéliser ces contraintes et processus internes pour répondre au mieux aux besoins de l'organisation.
